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Cette étude présente une stratégie innovante combinant l'édition de base in situ et un biocapteur pour identifier des variants nucléotidiques critiques ayant permis d'atteindre un titre record de 23,43 g/L d'albumine humaine recombinante chez *Pichia pastoris*.
Cette étude présente le CLUSTER, une nouvelle plateforme bio-orthogonale et covalente de 5 kDa combinant la technologie SNAP-tag et l'épissage protéique par intéine, permettant un marquage protéique précis et minimement perturbateur dans les cellules vivantes.
Cette étude de validation préclinique multicentrique démontre la faisabilité d'une approche harmonisée pour confirmer que la surexpression de CCR8 améliore la migration des cellules CAR T vers les tumeurs solides sans compromettre leur activité cytotoxique, ouvrant ainsi la voie à une meilleure reproductibilité et à une traduction clinique plus fiable.
Cet article propose une preuve élémentaire de l'existence et une méthode de localisation rigoureuse des cycles limites dans une classe d'oscillateurs biomoléculaires, en combinant une approche géométrique basée sur le théorème du point fixe de Brouwer avec une analyse de faisabilité par intervalles.
Cette étude présente un criblage CRISPRi systématique chez *E. coli* qui a permis d'identifier 31 gènes modulant la production de lycopène, révélant ainsi de nouvelles cibles métaboliques pour optimiser le rendement des voies de biosynthèse des isoprénoïdes.
Cette étude révèle que près de la moitié des enzymes hétérologues exprimées chez *Synechocystis* sp. PCC 6803 subissent une dégradation significative, démontrant que le remplacement par des homologues est souvent plus efficace que l'optimisation des éléments génétiques pour améliorer la production de composés dans ces usines cellulaires photosynthétiques.
Cette étude propose AncestorGFN, une approche novatrice utilisant les réseaux de flux génératifs pour réaliser simultanément la conception de séquences et l'inférence phylogénétique sans alignement multiple, en démontrant que les trajectoires de flux peuvent révéler des relations évolutives et générer de nouvelles séquences biologiquement pertinentes.
Le papier présente SIRIUS, un algorithme d'optimisation combinatoire utilisant la programmation linéaire en nombres entiers pour concevoir des séquences d'ADN synonymes hautement divergentes et stables, surpassant les méthodes existantes en réduisant les sous-séquences partagées.
Cette étude présente un cadre prédictif, YeIP, qui exploite les effets de position chromosomique pour cartographier les sites d'intégration génomique chez la levure et optimiser rationnellement les voies métaboliques par le seul choix de l'insertion, sans modifier les promoteurs ni le nombre de gènes.
Cet article présente un flux de travail automatisé combinant des outils de traitement du langage naturel et le modèle Llama 3 pour extraire les interactions biomoléculaires de la littérature PubMed et construire un graphe de connaissances structuré visant à optimiser la conception des récepteurs antigéniques chimériques (CAR) pour les cellules T.
Cet article présente InfinMark, un cadre complet de stéganographie ADN qui intègre l'Internet des objets et l'ADN des objets via des nanoparticules d'information pour créer un système de lutte contrefaçon bimodal et end-to-end, assurant un marquage invisible, un encodage précis et une authentification rapide à tous les stades de la chaîne de production.
Cette étude présente des protonoyaux en ADN programmables comme des mimétiques nucléaires qui révèlent que le comportement de phase de la protéine FUS dépend fortement du contexte environnemental confiné et multivalent, contrairement aux prédictions des assays classiques en éprouvette.
Cet article présente un cadre de contrôle par rétroaction optogénétique à gain programmé, guidé par un modèle multi-échelle, qui améliore le rejet des perturbations dans les cultures bactériennes en batch en adaptant dynamiquement la stratégie de contrôle aux changements de l'état physiologique des cellules au cours des phases de croissance.
Cette étude établit qu'une humanisation endogène du locus *rpb9* chez la levure *Schizosaccharomyces pombe* permet de révéler à la fois des rôles conservés et de nouvelles fonctions divergentes de la sous-unité humaine POLR2I, notamment dans l'assemblage de l'hétérochromatine et la résistance aux agents chimiothérapeutiques.
Ce papier présente SurPhACE, une plateforme de biologie synthétique combinant l'affichage de surface chez *E. coli* et l'évolution continue assistée par le phage {Phi}X174 pour générer et optimiser à très haut débit des nanobodies sans nécessiter la construction de bibliothèques complexes.
Les auteurs ont optimisé le commutateur allostérique LightR en créant des variants améliorés du kinase Src activé par la lumière, offrant un contrôle temporel plus rapide et une gamme dynamique accrue pour réguler l'activité protéique avec une grande précision.
Cette étude présente une analyse quantitative globale des réactions de ligation au niveau d'un seul nick dans les nanostructures d'ADN par qPCR, révélant que l'efficacité de ligation dépend de la probabilité d'accostage de l'enzyme et peut être uniformisée en modifiant les conditions réactionnelles.
Cette étude présente CRISPR-MACE, une plateforme innovante permettant l'évolution dirigée continue de la Cas9 directement dans les cellules humaines via une sélection médiée par des anti-CRISPR, générant ainsi des variants aux propriétés de liaison à l'ADN modifiées et à une résistance accrue aux inhibiteurs.
Cette étude présente MATCH, une méthode biochimique modulaire permettant de rediriger de manière programmable et spécifique les adénovirus associés (AAV) vers des récepteurs cibles grâce à une conjugaison covalente de protéines de ciblage, facilitant ainsi la transduction de cellules immunitaires et le franchissement de la barrière hémato-encéphalique pour des applications thérapeutiques.
Cette étude développe des modèles mathématiques couplés et une analyse de sensibilité globale pour identifier les paramètres clés, tels que l'affinité de liaison et la force du promoteur, qui permettent d'optimiser l'ingénierie des cellules T synNotch-CAR afin d'ajuster dynamiquement leur activité thérapeutique contre le cancer.